拿破仑是一个有神论者还是无神论者，这一直是学者仍有争议的问题。拿破仑的秘书布里昂说他对宗教“没有固定的见解”。英国的拿破仑战争史家詹姆斯·马歇尔——康沃尔说他在宗教上是个“不可知论者”。法国学者吉尔贝·马蒂诺忽而说他是有神论者，忽而又说他是唯物论者。英国著名的拿破仑学者约翰·霍兰·罗斯则说：这是一个“恐怕永远也澄清不了的问题”，它被“罩上一层神秘的帷幔”。其实拿破仑是一个唯物论者、无神论者。由于拿破仑的父母是天主教徒，所以他在童年时代也是天主教徒。但他在少年时代就受到无神论的强烈影响，成了自然神论者。自然神论者孟德斯鸠、伏尔泰、卢梭对他影响很大，尤其是卢梭。自然神论是一种披着薄薄宗教外衣的唯物论和无神论。马克思说：“自然神论——至少对唯物主义者来说——不过是摆脱宗教的一种简便易行的方法罢了。”后来，他又从自然神论继续前进，成了正式的唯物论者。1917年他22岁时，自豪地承认他是“伟大的伊壁鸠鲁的信徒”。马克思说：“如果说罗马人有过无神论，那末这种无神论就是由伊壁鸠鲁奠定的。”
                  拿破仑在青年时期确立的唯物论和无神论的世界观，至死都没有改变。后来，他曾多次表达了自己的唯物论、无神论思想。他屡次说过“万物皆为物质”一类的话。他也多次说过“我没有宗教信仰”一类的话。他否认上帝的存在：“假若我相信……上帝的话，我就要害怕战争了。”关于耶稣，他说：“我的观点非常明确，我不相信耶稣存在，如果它永存人世间的话，我就信仰这种宗教了。”他也不相信其他神灵。“我之不相信世间会有什么复仇之神，是因为我看到善良的人们总是受苦受难，而险恶的坏蛋却总是走运……一切都是物质。再说，要是我相信有救助神，那我打仗时准会贪生怕死。”他也不相信基督教的教义，如上帝造人说之类。“我相信人从地上出来，受太阳的热气与电流相和合。”“我们都不过是物质……人是由大气的某种温度创造的”。“人只是较高等，较佳思考的动物而己。”在今天看来，这些话不管多么幼稚可笑，但却是以物质本身的运动变化解释人类的起源，完全剥夺了超自然的上帝的造人权。而且，从中也可以看出，他已有了某些生物进化论的思想。他对天命也持否定态度。他在圣赫勒拿岛曾说：我出身卑微，来自社会的最低层，而能成为皇帝，是因为环境和舆论对我有利。说的是时势造英雄。又说：“由于我有才能，人们就说我运气好；只有弱者才会责怪强者运气好。”说的是个人的作用。还说：“对于我们来说，讲命运有何意义呢？命运就是政治。”说的是人间政治风云对人们特别是对政治家的巨大影响。总之，人们成败利钝、浮沉荣枯，皆有社会和个人原因，与天命无关。没有什么天意命运，只有世道人事。灵魂不死说是宗教神学的另一个理论基础。所谓善恶报应、天堂地狱说均以此说为基础。拿破仑对灵魂不死说也持否定态度。他说，是战争中死人无数的景象使我变成了一个唯物主义者。生命、思想和灵魂本身都不过是物质的属性，人死则一切完结。“灵魂并非不朽的。如果它真正不朽，我等灵魂在生前应该已经存在了”。霍尔巴赫认为灵魂是人体的“作用”和“机能”，拿破仑可能是受了它的影响。他还认为宗教上的“一切都是人虚构出来的”。他狡黠地说：“大家宣称神的存在，这是无可怀疑的；但是，我们所说的宗教显然都是人的产物。为什么有那么多的宗教呢？为什么我们的宗教并不是永远存在的呢？为什么它是排他的呢？……这是因为那些僧侣始终在悄悄地从事欺骗和撒谎。”在这里，他显然是主张宗教捏造说。18世纪法国的唯物主义者梅叶、拉美特利、爱尔维修和霍尔巴赫都力倡此说。拿破仑虽然是一个无神论者，但奇怪的是，他却说过相信神灵，信仰宗教，公开反对无神论等。如在圣赫勒拿岛他说过：我“相信存在一位上帝”而在此之前他又说过：有一种“监视天体运行的神灵”，但这种神灵却是“物质性的”。而这种“物质性的”神灵到底是什么呢？他说得很明确：“我如果信仰宗教，我将信仰太阳。因为太阳滋养万物，它才是世上的真神。”这算是什么真神呢？作为一个坚定的无神论者，他的宗教活动仅仅是出于政治需要，是装样子给人看，是逢场作戏，所以难免出破绽。如在去圣赫勒拿岛时，有位教士愿随他去，却被拒绝了。在岛上，他还不止一次大声喝斥进行宗教活动的教士。甚至他自己在从事宗教活动时，也总是对上帝抱着嘲讽的态度。虽然从整体上、根本上来说他是一个唯物论者、无神论者，但他对某些问题仍然不清楚，感到困惑。如他说：“要说我是从哪儿来的，我是什么，我去哪儿，那是超出我的理念之上的；不过，所有这些问题都存在着。看来我像一只表，它存在着，可是没有自知之明。”“什么是生命？什么时候我们得到生命？我们又是怎样得到生命的？所有这些与神秘是不是一回事？”一些问题在当时是很难得到科学解答的。他也对宗教对人们的心理产生巨大的慰藉和麻醉作用深感惊讶和不解：“教会的权力就是使我们能进入天国——在我们年迈的时候，来安慰我们和我们的妇女。”在精神危机时，他也会产生迷信念头和需要宗教上的精神安慰。如欧洲人自古把打碎镜子作为恶兆。一次，他正巧打碎了一面镜子，大惊失色，说妻子约瑟芬不是病了，就是不忠于他了。这是他对约瑟芬长期极度思念、焦躁、担心、怨恨之后产生的念头。在临死之前，他曾想改用米尔隆的名字。因为早年在意大利的一次战役中，参谋长米尔隆为掩护他而中弹牺牲，他却安然无恙。此次战役的胜利是他一生的转折点。不仅打开了他的锦绣前程，而且激发了他成为伟人的豪情。所以他认为用米尔隆的名字可能对他有起死回生之效。以上这些事情，在当时的条件下，即使在其他唯物主义者身上，也可能发生。如果据此认为他是有神论者或在宗教问题上的不可知论者，未免有失偏颇。